19岁从其胞兄祝凤鸣学琴。以后致力于琴学30年,宦游江浙,以琴自随,所至名噪一时。祝凤喈著有《与古斋琴谱》,对琴学理论有深入探讨。祝凤喈著《与古斋琴谱》4卷,此书不收琴谱,专论琴理,书中强调节奏的重要性,指出:虽同其音,或异其节,神情各别,到唯其节奏颇难谐洽。为此,他对速度变化的辩证关系作出分析:慢得情联而不弛,紧得意蓄而不泄,又说:紧慢之板,均必得匀拍,总谓之节奏。
他还对琴曲中一般的节奏规律作出总结:要不外于联断、疾徐、踢宕、收纵。一曲始终,必得其纲,起、承、转、合,四者以成之。又说:全曲节奏,始从缓起,渐渐入紧萦聚,复踢宕开,再作收结。这对后人理解传统琴曲艺术很有启发。为了精确地记录节奏,他主张在传统琴谱中加用工尺谱,这一见解颇为后人所接受,上海玉清宫道人张鹤所编的《琴学入门》中,就继承并贯彻了祝凤喈的学说。祝凤喈还对1744年出版的《春草堂琴谱》详加校订、注解,对琴界颇有影响。
祝凤喈有家传秘谱《风云际会》、《渔樵问答》、《平沙落雁》、《石上流泉》、《阳关三叠》、《古琴吟》等六首,这六首琴曲,1962年出版的《古琴曲谱》中,除《风云际会》外,其他5首均被译成正谱,行于世。其后《风云际会》也被李禹贤先生译成正谱。这六首琴曲为中国古琴琴谱做出了贡献。
20世纪80年代,著名的古琴艺术家李禹贤到浦城调查,写出《祝桐君家传秘谱》、《闽派琴家祝桐君》等一系列文章,在文章中赞誉:闽派古琴以福建浦城祝桐君为代表,影响很大。祝桐君一生对古琴艺术所做的贡献,深受赞扬,成为一代名流琴家。